Likwidacja Wojskowej Akademii Medycznej w 2002 zaowocowała ponownym powołaniem przez MON instytutu jako samodzielnej jednostki naukowej (w ówczesnym systemie prawnym jako jednostki badawczo-rozwojowej). Jako samodzielny Instytut, WIHE utraciło charakter jednostki wojskowej oraz bezpośrednią podległość pod struktury wojskowe (choć organem tworzącym i nadzorującym pozostał MON). Stanowisko komendanta instytutu zastąpiono stanowiskiem dyrektora. Instytut od tej pory stał się poddanym prawom gospodarki rynkowej - tak jak inne instytuty czy jbr, musiał otworzyć się na aktywnie i konkurencyjne zabieganie o środki na badania naukowe i prace badawczo-rozwojowe.
W 2002 dzięki współpracy z Departamentem Obrony USA, oraz dofinansowaniu Komitetu Badań Naukowych w Puławach utworzono pierwsze w Polsce laboratorium mikrobiologiczne 3 stopnia hermetycznościRozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 22 kwietnia 2005 r. w sprawie szkodliwych czynników biologicznych dla zdrowia w środowisku pracy oraz ochrony zdrowia pracowników zawodowo narażonych na te czynniki (Dz.U. 2005 nr 81 poz. 716) (powszechnie określane jako "BSL-3"). W tym czasie zmieniono nazwę ośrodka w Puławach na Ośrodek Diagnostyki i Zwalczania Zagrożeń Biologicznych WIHE.