Okres laboratorium sanitarnego Tradycje Instytutu wywodzą się bezpośrednio od jednostek sanitarno-epidemiologicznych tworzonych w czasie II wojny światowej na froncie wschodnim w ramach Wojska Polskiego podległego ZSRR. Było to utworzone w Lublinie w styczniu 1945 Sanitarno Epidemiologiczne Laboratorium nr 9 Frontu (kierownik SELF 9: kpt prof. dr n. med. Edmund Mikulaszek) przy Szpitalu Ewakuacyjnym nr 42 (zakaźnym), które w już w lutym przeniesiono do Tworek koło Warszawy. Po zakończeniu wojny we wrześniu 1945 z SELF 9 oraz 28. Pogotowia Instruktorsko Dezynfekcyjnego, utworzono Centralne Laboratorium Sanitarno-Epidemiologiczne, które kolejno grudniu 1946 przeniesiono Łodzi i włączono do Wojskowego Centrum Wyszkolenia Medycznego. Od 10 lipca 1949 do 15 stycznia 1950 kierownikiem laboratorium był płk dr hab. Jan Andrzej Chomiczewski. W 195 laboratorium ponownie usamodzielniono, a w kolejnym roku rozbudowano strukturę i zmieniono nazwę na 34. Wojskowe Centralne Laboratorium Sanitarno-Higieniczne. W 1955 laboratorium pod kierunkiem ppłk. prof. dr. farm. Maksyma Nikonorowa przeniesiono do Warszawy na Powązki, nadając mu w 1957 charakter placówki naukowej.