Spotkania z innym klubem z departamentu Santa Ana – CD FAS – dorobiły się statusu meczu derbowego i są określane mianem „Derbi Santaneco”.
Pierwszy poważny sukces piłkarze Isidro Metapán odnieśli podczas jesiennych rozgrywek Apertura 2005, zostając wicemistrzami kraju, po finałowej porażce z zespołem CD Vista Hermosa. Największe osiągnięcia w swojej krótkiej historii klub zaczął notować po powrocie do klubu trenera Edwina Portillo. W wiosennym sezonie Clausura 2007 wywalczył premierowy tytuł mistrza Salwadoru, pokonując w finale ekipę CD Luis Ángel Firpo. W tym samym roku drużyna wzięła również udział w premierowym turnieju międzynarodowym w historii – Copa Interclubes UNCAF, odpadając z niego już w pierwszej rundzie. Kolejne mistrzostwo kraju zespół zdobył półtora roku później, podczas rozgrywek Apertura 2008, a bohaterem spotkania finałowego z CD Chalatenango został bramkarz Isidro – Dagoberto Portillo, który zdobył dwie bramki z rzutów karnych, a w decydującej o ostatecznym triumfie serii jedenastek obronił dwa strzały i wykorzystał swojego karnego. W międzyczasie jako pierwszy salwadorski klub wziął udział w zreformowanych rozgrywkach Ligi Mistrzów CONCACAF.