Ekipa ta występowała w najwyższej klasie rozgrywkowej w latach 1983–1992, nie odnosząc w niej większych sukcesów, a do drugiej ligi spadła po przegranych z Cojutepeque FC barażach o utrzymanie. Na pierwszoligowym zapleczu Metapán FC grał w latach 1992–2000, a najbliżej powrotu do Primera División był w 2000 roku, kiedy to dotarł aż dwumeczu finałowego Segunda División de Fútbol Salvadoreño, przegrywając w nim ostatecznie z Atlético Balboa.
W 2000 roku dwie istniejące w Metapán drużyny, CD Isidro Menéndez i Metapán FC, połączyły się, tworząc nowy klub – AD Isidro Metapán. Od razu przystąpił on do rozgrywek drugoligowych, grając na powstałej w latach 90. arenie Estadio Jorge „Calero” Suárez. Już po upływie roku, w sezonie 2000/2001, nowo powstała drużyna, prowadzona przez szkoleniowca Edwina Portillo, awansowała do najwyższej klasy rozgrywkowej, pokonując w decydującym dwumeczu ekipę Jocoro FC. W Primera División klub zadebiutował w wygranym 2:1 meczu z Atlético Balboa i już po kilku latach zaczął być uznawany za jedną z czołowych drużyn Salwadoru, dysponując silną ekipą złożoną zarówno z doświadczonych, jak i młodych graczy.