Trzeci tytuł mistrza Salwadoru zespół zanotował w sezonie Clausura 2009, po kolejnym triumfie nad Luis Ángel Firpo, zaś czwarty w rozgrywkach Clausura 2010, dysponując skutecznym duetem napastników, stworzonym przez Léstera Blanco i Urugwajczyka Paolo Suáreza, jedną z legend drużyny i brata Luisa Suáreza, napastnika między innymi Liverpool FC i FC Barcelona.
Kolejne, piąte już mistrzostwo, zawodnicy Isidro Metapán wywalczyli w sezonie Apertura 2010, tym razem pokonując po rzutach karnych drużynę Alianza FC. Następną serię udanych wyników, zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej, zapoczątkował 2011 rok, podczas którego zespół w jesiennym sezonie Apertura zdobył szósty tytuł mistrza kraju, triumfując w finale nad Once Municipal, a pół roku później, w rozgrywkach Clausura 2012, notując wicemistrzostwo – na przeszkodzie w odniesieniu kolejnego zwycięstwa stanął klub CD Águila. Prowadzony przez Portillo zespół notował równocześnie dobre występy także w najbardziej prestiżowych rozgrywkach północnoamerykańskiego kontynentu – Lidze Mistrzów CONCACAF, najdalej dochodząc w nich do ćwierćfinału w 2012 roku.