„Iustitia” zorganizowała wtedy szkolenia dla niemal wszystkich polskich sędziów orzekających w sprawach karnych.
W 1998, w wyniku uchwalenia nowego statutu, organizacja zmieniła nazwę na Stowarzyszenie Sędziów Polskich „Iustitia” i przyjęła strukturę federacyjną (poszczególne oddziały samodzielnie realizują cele stowarzyszenia, niesprzecznie z decyzjami jego władz i mogą posiadać osobowość prawną). Najwyższą władzą jest zebranie delegatów wybieranych w oddziałach (wcześniej było nią walne zebranie członków), a tytuł przewodniczącego zmieniono na tytuł prezesa.
W 2010 stowarzyszenie zgłaszało propozycję do nowelizacji ustawy aby wybór sędziów do Trybunału Konstytucyjnego nie odbywał się drogą polityczną.
W 2012 roku Stowarzyszenie sprzeciwiało się reformie ministra Jarosława Gowina polegającej na zniesieniu 79 sądów. „Iustitia” wzięła udział w manifestacji w marcu 2012 r., a po jej wprowadzeniu angażowała się w działania zmierzające do reaktywacji sądów zniesionych. Po trzech latach od reformy przywrócono 76 sądów, zniesione pozostały tylko trzy najmniejsze.