Po II wojnie światowej Polski Kościół Starokatolicki odrodził się w ograniczonym zakresie. Brak obiektów parafialnych zmuszał wiernych do modlenia się w domach prywatnych. W latach 1945–1948 duszpasterstwo w mieście prowadził ks. Franciszek Biernacki, który popadając w konflikt z abp Zygmuntem Szypoldem odszedł wraz z wiernymi do Kościoła rzymskokatolickiego. W 1945 Polski Narodowy Kościół Katolicki otrzymał odrębną świątynię, do której uczęszczali także wierni starokatoliccy (ul. Szwoleżerów 2). Po likwidacji Polskiego Kościoła Starokatolickiego przez państwo, działalność parafii starokatolickiej w Warszawie całkowicie zamarła, chociaż w pewnych okresach podejmowane były próby zorganizowania duszpasterstwa domowego (w 1983 w warszawskiej kaplicy domowej sakrę przyjął bp Marek KordzikA. Pogorzelski, Monografia parafii polskokatolickiej pod wezwaniem św. Ducha w Warszawie, Warszawa 1984 (praca mgr. pisana pod kierunkiem ks. bpa prof. dra hab. W. Wysoczańskiego na Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie)..