Na początku lat 90. XX wieku w pobliskich Markach, w powiecie wołomińskim swoją działalność rozpoczęła parafia katedralna, w której rezydował ks. bp Wojciech Kolm, ówczesny zwierzchnik Kościoła. W Warszawie, przy ul. Jeleniogórskiej 17 na Targówku Fabrycznym, w niewielkiej kaplicy posługę duszpasterską sprawował ks. Jan Paweł Marczyński. Zgromadził on wokół siebie niewielką liczbę wiernych, jednak parafia funkcjonowała prężnie. W 2005 Marczyński odszedł z Kościoła Starokatolickiego, prowadząc od tej pory własne duszpasterstwo i zakładając niewielką kaplicę w mieszkaniu przy ul. Radzymińskiej. W latach 2009–2016 (z kilkumiesięczną przerwą w 2014) w oddalonych o ok. 30 km od Warszawy Działach Czarnowskich działała parafia Matki Bożej Nieustającej Pomocy.
W czerwcu 2011 na życzenie sympatyków Kościoła Starokatolickiego, rozpoczęło się organizowanie placówki misyjnej Kościoła. W Warszawie na Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej studia w roku akademickim 2011/2012 rozpoczęli duchowni Kościoła. Powstała potrzeba posiadania własnego miejsca kultu. Wierni nieposiadający swojej kaplicy, korzystali najczęściej z duszpasterstwa polskokatolickiego czy mariawickiego.