Monaster w Zabłudowie nigdy nie uzyskał nadanych mu funduszy. Fakt ten sprawił, że niemożliwe stało się utworzenie przy nim szkoły w kształcie zakładanym przez Marię Radziwiłłową. Mnisi otworzyli jedynie niższą szkołę duchowną kształcącą kandydatów do kapłaństwa.
W literaturze spotykana jest wersja, jakoby klasztor należał do grupy monasterów podlegających monasterowi Trójcy Świętej w Słucku. Tomasz Kempa twierdzi jednak, że analiza zapisu testamentowego Marii Radziwiłłowej na rzecz wspólnoty zabłudowskiej pozwala odrzucić tę wersję i uznać, że monaster uznawał w rzeczywistości zwierzchność monasteru Świętego Ducha w Wilnie. Podlegać klasztorowi w Słucku zaczął dopiero w 1686.
Mimo wywieranych na wspólnotę nacisków nigdy nie przyjęła ona unii brzeskiej, pozostając przy prawosławiu. Według Bołtryka dołączyli do niej mnisi z monasteru w Supraślu, którzy nie pogodzili się z przejściem tegoż klasztoru na unię. Przetrwanie w Zabłudowie silnego ośrodka prawosławnego było możliwe dzięki tolerancyjnej postawie właścicieli miejscowych dóbr – Radziwiłłów z linii birżańskiej, wyznawców kalwinizmu. Szczególne zabiegi w kierunku włączenia monasteru (i parafii zabłudowskiej) do Kościoła unickiego czynił metropolita kijowski Gabriel Kolenda. W 1666 sąd grodzieński nakazał przekazać cerkiew w Zabłudowie unitom.