Sam monaster pozostał w rękach prawosławnych; Kościół unicki zrezygnował z ubiegania się również o ten obiekt. Odnotowano także kilkakrotne najścia miejscowej ludności żydowskiej na monaster.
XVIII wiek mały|Gabriel Zabłudowski na dziewiętnastowiecznej ikonie. Jego relikwie znajdowały się w monasterze w latach 1746–1755 W XVIII stuleciu kilkakrotnie dochodziło do zatargów między monasterem a miejscowym duchowieństwem rzymskokatolickim. Oprotestowało ono budowę dzwonnicy cerkiewnej na terenie klasztoru w 1738, zaś w 1746, przy poparciu katolickiego biskupa wileńskiego, uniemożliwiło podjęcie odbudowy głównej cerkwi monasterskiej po zniszczeniach powstałych w wyniku pożaru. Sprawa konfliktów wyznaniowych w Zabłudowie była przedmiotem interwencji rezydenta rosyjskiego u polskiego króla w 1753, jednak do ponownego zatargu na tle kontynuowania budowy świątyni doszło w 1761.