Egzekucja w Lesie Sękocińskim rozpoczęła się 28 maja ok. godziny 3:00 i trwała mniej więcej do godziny 14:00. Mieszkańcy Magdalenki oraz pobliskich wsi Lesznowola i Łazy słyszeli wówczas dochodzące z lasu odgłosy strzałów. W międzyczasie gestapowskie „budy” kilkukrotnie wyjeżdżały i powracały na Pawiak po kolejne partie skazańców. Jako ostatnie wywieziono na śmierć przetrzymywane w kaplicy kobiety – m.in. 70-letnią Mariannę Wawer oraz obłożnie chore Janinę Górską i Janinę Kardej-Zamajską (zabrane na noszach z więziennego szpitala). W skład plutonu egzekucyjnego weszli niemieccy i ukraińscy wachmani z załogi Pawiaka. Wyniki przeprowadzonej w 1946 roku ekshumacji wskazywały, że skazańców mordowano strzałami w pierś lub tył głowy nad krawędziami otwartych grobów. Prawdopodobnie część rannych zakopano żywcem. Niektórym kobietom przewiązano oczy opaskami. Zeznania świadków wskazywały, że egzekucja miała bardzo brutalny przebieg – widziano, jak po jej zakończeniu strażnicy z Pawiaka obmywali zbryzgane krwią buty. Z informacji, które więźniowie Pawiaka uzyskali od ukraińskich wachmanów wynikało, że przed śmiercią grupka skazańców z majorem Romanem Kukiełło na czele rzuciła się z gołymi pięściami na uzbrojonych w broń maszynową katów.