Przed 1903 r. duchowny został przeniesiony ze stanowiska proboszcza do Schroniska Błękitnego Krzyża (jako kapelan), zaś jesienią tego roku podjął pracę duszpasterską jako kapelan więzienia etapowego w Petersburgu. Był też katechetą w przytułku św. Olgi. W tym samym roku ukończył wznowione wcześniej studia w Petersburskiej Akademii Duchownej, uzyskując tytuł kandydata nauk teologicznych. W 1902 r. związał się z Aleksandrą Uzdalewą, znacznie młodszą od siebie wychowanką przytułku, w którym wcześniej pracował. Nie zawarli związku małżeńskiego, gdyż Gapon jako kapłan-wdowiec nie miał prawa żenić się powtórnie.
Kontakty z Ochraną Na przełomie lat 1902 i 1903 Gieorgij Gapon pierwszy raz skontaktował się z Siergiejem Zubatowem, twórcą kontrolowanych przez policję organizacji robotniczych (socjalizm policyjny) mających powstrzymać szerzenie się wśród robotników idei rewolucyjnych. Jak wspominał Zubatow, po jego przyjeździe do Petersburga do pracy w Departamencie Policji w II poł. 1902, rząd nie poparł jego projektu powołania do życia nowych organizacji robotniczych, lecz nalegał na nawiązanie przezeń kontaktu z Gaponem.