Zwiedzając monastery eparchii symferopolskiej i krymskiej doszedł do wniosku, że są one „rozsadnikami występków i przesądów”.
Działalność duszpasterska w Petersburgu 200px|right|thumb|Cerkiew Ikony Matki Bożej „Miłująca” w Petersburgu 200px|right|thumb|Gieorgij Gapon i gradonaczalnik Petersburga Iwan Fullon wśród członków Stowarzyszenia, 1904 Po powrocie do Petersburga Gapon nie wznowił studiów, lecz został proboszczem parafii przy cerkwi Ikony Matki Bożej „Miłującej” w dzielnicy robotniczej na Wyspie Wasylewskiej. W czasie pobytu w stolicy Gapon wielokrotnie odwiedzał fabryki i rozmawiał z robotnikami, a także z bezdomnymi i bezrobotnymi. Jego charyzma i atrakcyjność głoszonych kazań sprawiła, że zyskał znaczną popularność. Poruszony losem robotników, duchowny zredagował memoriał wzywający do budowy hoteli robotniczych i organizowania we wsiach kolonii dla bezrobotnych, po czym przekazał go gradonaczalnikowi (burmistrzowi) Klejgelsowi. Chociaż jego inicjatywa nie spotkała się z żadnym odzewem, wzrosła jego popularność. Gapon zaczął być zapraszany do eleganckich salonów Petersburga. Jego działalnością na rzecz robotników zainteresowała się cesarzowa Aleksandra Fiodorowna. Przekonało to Gapona, że car Mikołaj II jest skłonny poprawić położenie rosyjskich robotników.