Wkrótce doszło do pierwszego spotkania między nimi, w czasie którego Zubatow skonstatował, że Gapon cieszy się autentycznym poparciem i sympatią robotników, nie posiada natomiast żadnej wiedzy politycznej, nie znając nawet kierunków rozwoju współczesnego mu ruchu robotniczego. Zubatow polecił wówczas swoim podwładnym podjęcie "politycznej edukacji" duchownego. Zorientował się również, że działalność kapłana popierana jest przez wysoko postawione w Petersburgu kobiety oraz przez wyższą hierarchię Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.
Na początku roku 1903 Gapon zgodził się pobierać z funduszy Ochrany zasiłek w wysokości 100 rubli miesięcznie (z czego część przekazywał ubogim), chociaż według własnych wspomnień dopiero w maju tego samego roku ostatecznie wyraził zgodę na podjęcie stałej współpracy z Zubatowem. Nie brał jednak aktywnego udziału w działaniach powstających pod egidą Ochrany organizacji robotniczych, twierdząc, że są one niewystarczające. W swojej autobiografii podkreślał, że motywacją dla podjęcia współpracy z policją była dla niego właśnie chęć skłonienia robotników do stworzenia prawdziwie aktywnego stowarzyszenia.