Latem 2012 Morales po ośmiu latach powrócił do swojego byłego klubu Monarcas Morelia, w którego barwach mimo zaawansowanego wieku od razu został liderem drużyny i niebawem został na stałe cofnięty z pozycji lewego pomocnika na lewą obronę. W jesiennym sezonie Apertura 2013 zdobył ze swoją ekipą puchar Meksyku – Copa MX, zaś w 2014 roku wywalczył krajowy superpuchar – Supercopa MX. Bezpośrednio po tym sukcesie, wskutek odejścia z drużyny Aldo Leão Ramíreza, decyzją trenera Ángela Comizzo został mianowany nowym kapitanem drużyny, lecz opaskę stracił kilkanaście miesięcy później na rzecz Cristiana Pellerano. W 2015 roku zajął z Morelią drugie miejsce w superpucharze.
Kariera reprezentacyjna W 1999 roku Morales został powołany przez szkoleniowca Jesúsa del Muro do reprezentacji Meksyku U-20 na Młodzieżowe Mistrzostwa Świata w Nigerii. Tam pełnił rolę podstawowego zawodnika swojej drużyny, rozgrywając wszystkie możliwe pięć spotkań, z czego cztery w wyjściowym składzie, jednak ani razu nie wpisał się na listę strzelców.