W styczniu 2010 Morales został ściągnięty przez Rubéna Omara Romano – swojego byłego szkoleniowca z Morelii – do prowadzonej przez niego drużyny Santos Laguna z siedzibą w Torreón. Tam, mając niepodważalną pozycję w wyjściowym składzie, w wiosennym sezonie Bicentenario 2010 osiągnął tytuł wicemistrza kraju i sukces ten zanotował również pół roku później, podczas rozgrywek Apertura 2010. W sezonie Apertura 2011 już po raz szósty w swojej karierze wywalczył tytuł wicemistrzowski, jednak bezpośrednio po tym osiągnięciu został relegowany do roli rezerwowego, przegrywając rywalizację o miejsce na lewej pomocy z Christianem Suárezem. W wiosennym sezonie Clausura 2012 wywalczył z zespołem prowadzonym przez Benjamína Galindo swoje czwarte mistrzostwo Meksyku, a w tym samym roku po raz trzeci dotarł także do finału Ligi Mistrzów CONCACAF, jednak pełnił już wówczas rolę alternatywnego zawodnika. Ogółem w barwach Santosu Laguna spędził dwa i pół roku.