Meksykanie, mający wówczas w składzie przyszłych wielokrotnych reprezentantów kraju, jak Rafael Márquez, Gerardo Torrado czy Juan Pablo Rodríguez, z bilansem dwóch zwycięstw i remisu zajęli pierwsze miejsce w grupie, następnie rozgromili w 1/8 finału faworyzowaną Argentynę (4:1), po czym odpadli z młodzieżowego mundialu po ćwierćfinałowej porażce z późniejszym finalistą – Japonią (0:2).
W seniorskiej reprezentacji Meksyku Morales zadebiutował za kadencji selekcjonera Manuela Lapuente, 13 października 1999 w przegranym 0:1 meczu towarzyskim z Paragwajem. Dwa lata później znalazł się w ogłoszonym przez Javiera Aguirre składzie na turniej Copa América – na kolumbijskich boiskach był jednak głębokim rezerwowym swojej kadry i nie zanotował żadnego występu, zaś meksykańska drużyna dotarła wówczas do finału, przegrywając w nim z Kolumbią (0:1). Przez kolejne kilka lat występował wyłącznie w sparingach, po czym w 2005 roku został powołany przez Ricardo La Volpe do krajowego składu na Złoty Puchar CONCACAF. Tam również pełnił głównie rolę rezerwowego i rozegrał tylko jeden z czterech możliwych meczów, natomiast Meksykanie odpadli wówczas z turnieju w ćwierćfinale. W późniejszym czasie wziął udział w udanych ostatecznie dla jego kadry eliminacjach do Mistrzostw Świata 2006, podczas których trzykrotnie pojawiał się na boiskach.