Osiągnięcie to zanotował również po raz kolejny w 2006 roku, ponownie wygrywając rozgrywki InterLigi, a ogółem w barwach Tigres występował przez dwa lata.

Latem 2006 Morales został zawodnikiem zespołu Deportivo Toluca, gdzie od razu został podstawowym pomocnikiem drużyny i już w premierowym, jesiennym sezonie Apertura 2006 wywalczył z nią swoje trzecie wicemistrzostwo kraju. Po upływie kilkunastu miesięcy stopniowo zaczął jednak tracić miejsce w wyjściowym składzie, po czym definitywnie został relegowany do pozycji rezerwowego. W sezonie Apertura 2008 zdobył z ekipą prowadzoną przez José Manuela de la Torre trzeci w swojej karierze tytuł mistrza Meksyku, jednak bezpośrednio po tym, nie mogąc wygrać w Toluce rywalizacji o pozycję na bocznej stronie pomocy, udał się na wypożyczenie do niżej notowanego klubu Estudiantes Tecos z miasta Guadalajara. W jego barwach występował przez rok, będąc podstawowym graczem i jednym z najjaśniejszych punktów ekipy, jednak nie odniósł większych sukcesów zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej.