W 1924 roku ocalałe duchowieństwo zebrało się na Synodzie w Moskwie w celu reorganizacji kościoła. Kierownictwo wspólnotą oddano biskupom Leningradu Arturowi Malmgrenowi i Moskwy Teofilowi Meyerowi. Pomimo zatwierdzenia statutu kościoła przez władze, na mocy antyreligijnej polityki Józefa Stalina prowadzonej od 1928 roku, ludność ewangelicka została rozrzucona po kraju, a duchowni uwięzieni lub zamordowani. W 1936 roku biskup Malmgren opuścili ZSRR, a rok później Ewangelicko-Luterański Kościół w Rosji przestał istnieć jako organizacja.
Wybuch II wojny światowej przyniósł deportacje ludności niemieckiej z europejskiej części ZSRR do części azjatyckiej, w tym na Syberię, gdzie posługi religijne były zakazane. Jedynym wyjątkiem była parafia ewangelicka w Celinogradzie, założona przez Eugen Bachmann i oficjalnie zarejestrowana w 1957 roku.
Po aneksji państw bałtyckich przez Związek Radziecki, kościoły luterańskie na tych terenach mogły funkcjonować, ale poddawane były kontroli i represjom.