Na początku 1345 roku Apokauk i Kalekas odrzucili ofertę pojednania, jaką zaoferował im Kantakuzen. Starając się pozyskać środki na dalszą wojnę Aleksy rozpoczął proskrypcje w Konstantynopolu, przejmując majątki arystokracji. Dla swoich przeciwników zbudował nawet nowy budynek więzienny. 11 czerwca 1345 roku postanowił odwiedzić świeżo ukończone więzienie, poszedł tam jednak bez swoich przybocznych. Więźniom udało się w jakiś sposób uwolnić i doszło do linczu na Apokauku. Więźniowie prawdopodobnie liczyli że usuwając coraz mniej popularnego Aleksego zdobędą względy cesarzowej Anny. Matka Jana V wcale jednak nie cieszyła się po śmierci swego najbardziej zaufanego stronnika. Zwolennikom Aleksego, wśród których znajdowało się wielu Gasmouloi, pozwoliła Anna na bezkarną masakrę około 200 więźniów. Część z nich zabito w kościołach, gdzie próbowali się chronić. Śmierć Aleksego nie zakończyła od razu wojny, ale obóz wrogów Kantakuzena znacznie osłabł i pogrążył się w wewnętrznych konfliktach, co spowodowało zwycięstwo Jana w całej wojnie. 3 lutego 1347 roku wkroczył on na czele wojsk do Konstantynopola.