Kilka dni po koronacji Kantakuzena mieszkańcy Adrianopola zbuntowali się przeciwko arystokratom i uznali władzę stronnictwa Aleksego. Apokauk wysłał więc swojego syna, Manuela, aby zarządzał miastem. W podobnych okolicznościach doszło do buntu niższych warstw społecznych w Tessalonikach, gdzie w 1342 roku miasto zajęła grupa nazywająca się "Zelotami". Ich antyarystokratyczne nastawienie spowodowało zbliżenie z obozem Aleksego, który wysłał do Tessaloniki swojego drugiego syna, Jana.
W pierwszych latach konfliktu przewaga była po stronie Aleksego, a Jan Kantakuzen został w lecie 1342 roku zmuszony do ucieczki z kraju i udał się na dwór serbski, do swojego sojusznika Stefana Dušana. Sytuacja zaczęła zmieniać się w 1343 roku, kiedy to Kantakuzenowi udało się stworzyć koalicję przeciwko Aleksemu. Wojska jego sojusznika, emira Aydin uderzyły na terytoria kontrolowane przez Aleksego, a sam Kantakuzen wraz z Dušanem odzyskali władzę nad większością Macedonii. Nie udało mu się wprawdzie zdobyć Tessaloniki, ale dzięki pomocy Turków opanował Didymoteicho w Tracji. Dzięki tym sukcesom obóz zwolenników Aleksego zaczął słabnąć, wielu przechodziło na stronę Kantakuzena, nawet Manuel, syn Apokauka, opuścił Adrianopol i przyłączył się do Jana.