Gdy do przebywającego poza stolicą Jana doszły informacje o przewrocie, ogłosił się w cesarzem w Didymoteicho w październiku 1341 roku. Stronnictwo Aleksego odpowiedziało koronacją Jana V na cesarza w listopadzie. Podwójna koronacja stanowiła bezpośredni powód wojny domowej, która będzie toczyła się do 1347 roku. Wojna zakończyła się wprawdzie zwycięstwem Kantakuzena, ale doprowadziła do ogromnych zniszczeń i strat, a także ukazała głęboki podział w łonie społeczeństwa bizantyjskiego. Po stronie regenta stanęli bowiem magnaci i klasy wyższe natomiast Aleksego i Jana V popierały głównie klasy średnie i niższe – kupcy, rzemieślnicy, handlarze i marynarze. Kontrowersje religijnie związane z hezychazmem przyczyniły się do zwiększenia napięcia i większego okrucieństwa w czasie walk. Konflikt ten nie był więc sporem arystokratów a powszechną wojną, noszącą znamiona konfliktu społecznego i religijnego.