Wykorzystując nieobecność Jana w mieście Apokauk zawiązał przeciwko niemu konspirację. Pozyskał sobie patriarchę Jana Kalekasa, któremu podał fałszywe informację, jakoby Kantakuzen szykował się do usunięcia go z urzędu. W tym samym czasie spotykał się także z cesarzową Anna, którą przekonywał, że Jan szykuje zamach na nią i jej syna i zamierza samodzielnie objąć władzę. Ludzie z dworu wierzyli Aleksemu, był przecież najbliższym współpracownikiem Jana i przystępowali do spisku. Gdy Aleksy uznał, że jest wystarczająco silny, otwarcie wystąpił przeciwko swemu protektorowi. Uwięził rodzinę Kantakuzenów mieszkającą w Konstantynopolu, wraz z jej klientami i przyjaciółmi. Prawdopodobnie matka Jana, Teodora, zmarła w czasie aresztu. Regentem został ogłoszony patriarcha Kalekas, a Aleksy otrzymał od cesarzowej tytuł prefekta stolicy.