Aleksy, który liczył na to, że Jan sięgnie po tron cesarski, a on sam będzie wówczas drugą osobą w państwie, przestał popierać dotychczasowego protektora i przeszedł do obozu Anny Sabaudzkiej.
Gdy tylko Kantakuzen opuścił Konstantynopol udając się na wyprawę przeciwko wrogom cesarstwa, którzy chcieli wykorzystać zawirowania na dworze, aby poszerzyć swoje terytoria kosztem Bizancjum, Aleksy wykonał pierwszy ruch przeciwko Janowi. Jako dowódca floty miał obowiązek bronić Dardaneli przed Turkami, tak aby ci nie mogli przerzucić swoich wojsk do Europy. Wydał swoim podwładnym błędne rozkazy, chcąc w ten sposób umożliwić Turkom przeprawę, co miałoby wywołać niezadowolenie w Tracji. Próbował również porwać Jana V, ale próba zakończyła się niepowodzeniem i Aleksy musiał zbiec do swojej fortecy nad Morzem Marmara.
Gdy Kantakuzen powrócił do stolicy, zamiast pozbawić Aleksego urzędów, ułaskawił go i ponownie objął protekcją, co spotkało się z krytyką zarówno oficerów jak i przyjaciół Jana. Przywrócony do łask Aleksy, gdy znalazł się w Konstantynopolu, okazywał swemu protektorowi daleko posuniętą wdzięczność i uległość. Kantakuzen jednak krótko po tym musiał ponownie wyruszyć na wyprawę.