6 stycznia 1919 wojska bolszewickie wdarły się do miasta i zaczęły wprowadzać swoje rządy. Ruch w księgarniach jednak się ożywił. Sowieci chcieli przejąć wszystkie księgarnie, jednak nie udało im się to gdyż 19 marca 1919 wkroczyły do Wilna wojska polskie. W lipcu 1920 ponownie wkroczyły do Wilna bolszewicy. Skład książek przy ul. Biskupiej, będący pod opieką Makowskiego zostaje uszkodzony i częściowo ograbiony. Makowski za stawianie oporu – nie wyrażenia zgody na oddanie księgarni w ręce bolszewików zostaje niebawem aresztowany pod pretekstem posiadania broni palnej w mieszkaniu i z czasem zostaje osadzony w więzieniu na Łukiszkach, gdzie spotyka znajomych, oskarżonych i uwięzionych również bezpodstawnie. Cudem uchodzi z życiem, gdyż część jego kompanów została wywołana i stracona. Po wielu ciężkich przeżyciach Wacław i reszta więźniów zostaje uwolniona przez wojska Litewskie.
Makowscy mieli dzieci: córkę Ewę i trzech synów – Wacława, Czesława i Witolda;