11 sierpnia 1915 z powodu konfliktów z Niemcami Poczta Polska przestała funkcjonować co zapoczątkowało kryzys wydawnictwa Wacława i Apolonii a 5 września wojska niemieckie zajęły Wilno. „Zostaliśmy odcięci od świata, mosty pozrywane, koleje zrujnowane” – tak pisał Makowski we wspomnieniach. Rozpoczęły się systematyczne rewizje i grabieże przeprowadzane przez Niemców. Makowski musiał starać się o pozwolenia na wydawanie książek od Ober-Ost, który bez podawania przyczyny blokował wydanie nawet najbardziej niewinnych podręczników tj. j.niemiecki, katechizm, geografia itp. Udało się jednak wydać „Snopek z naszej niwy” a później „Moje czytanki” autorstwa córki seniora Makowskiego – Ewy Gulbinowej. Jednak z uwagi na falę odmów od Ober-Ost'u nastał dla Makowskich kryzys, ruch w księgarniach zmalał do ok. 20%. W końcu grudnia 1918 wojska niemieckie ustąpiły.