Kolejną metodą poznawania sekwencji DNA jest sekwencjonowanie poprzez hybrydyzację, która akceptuje cząsteczki nawet parokrotnie dłuższe, wymaga ona za to wspomagania algorytmicznegoMaxam A. M., Gilbert W., „A new method for sequencing DNA, Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA” 74, 1977, s. 560-564. Pierwsze maszyny do automatycznego sekwencjonowania powstały w latach siedemdziesiątych. Opierały się one na metodzie terminacji łańcucha, za którą w 1974 r. biochemicy Fred Sanger i Walter Gilbert otrzymali Nagrodę Nobla. Od tamtego momentu technologia ta stała się w pełni zautomatyzowana, a zasób zgromadzonych danych genomowych znacząco wzrósł. Powodem tego jest niski koszt takich operacji oraz możliwość pracy nad większymi genomami. Współczesne maszyny do sekwencjonowania są bardzo wydajne i mogą odkodować około 1,5 miliona zasad w ciągu 24hKasprzak M. (2013) „Wybrane algorytmy i modele grafowe w bioinformatyce” wydawnictwo: Politechnika Poznańska . Wyznaczanie pierwszorzędowej struktury DNA organizmów stanowi, będąc pierwszym krokiem w kierunku poznania i zrozumienia genomów i zakodowanych w nich funkcji, ważną pozycję w prowadzonych współcześnie badaniach. Jednym z przykładowych projektów jest Projekt poznania ludzkiego genomu (ang.