W 1996 po modernizacji (wybudowany został terminal 1 przy ul. gen. S. Maczka, przebudowany pas startowy, droga kołowania, płyta postojowa, instalacje świateł nawigacyjnych i instalacji zasilających) oraz spełnieniu wymogów bezpieczeństwa krajowego i międzynarodowego ruchu lotniczego (w tym utworzenie Lotniskowej Straży Pożarnej) lotnisko otrzymało status międzynarodowego portu lotniczego.
Z końcem lat 90. wydłużono drogę startową do 1440 metrów, przeprowadzono kapitalny remont drogi kołowania i płyty postojowej, przebudowano i zmodernizowano budynki portu lotniczego, stworzono Lotniskową Straż Pożarną. Umożliwiło to przyjmowanie samolotów typu ATR 42, ATR 72, Jak-40, C-130 Hercules, BAe 146, Cessna Citation, Falcon 2000, czy Bombardier BD700. Oprócz terminalu oddano do użytku hotel, restaurację i wypożyczalnię samochodów.
19 kwietnia 1999 planowano pierwszy regularny lot do portu lotniczego Warszawa-Okęcie. Z powodu złej pogody (nie było jeszcze ILS-u, instalacja w 2002) lot nie odbył się, a pasażerów dowieziono na Okęcie taksówkami.