Ostatnią strategią rządu mającą na celu asymilację rdzennej ludności był system szkół z internatem ustanowiony na mocy Ustawy o Indianach. Celem było umożliwienie dzieciom opuszczenia swoich "dzikich" społeczności, aby stać się "cywilizowanymi obywatelami". W latach 1847–1996 rząd Kanady, we współpracy z Kościołem Katolickim, prowadził 130 szkół z internatem na terenie całego kraju dla dzieci rdzennych mieszkańców, które zmuszone zostały do opuszczenia swoich domów.. W 2008 roku premier Stephen Harper oficjalnie przeprosił w imieniu rządu Kanady i jej obywateli za szkoły rezydencjalne.. Od końca XIX wieku do roku 1996 w tych religijnych szkołach rezydencjalnych przymusowo umieszczono ponad 150 000 rdzennych dzieci. Dyrektor Kanadyjskiego Stowarzyszenia Opieki nad Dziećmi i Rodzinami Pierwszych Narodów zaznacza, że „Wiele dzieci wysłanych do szkół z internatem zostało zabranych bez wiedzy rodziców. Zdarzało się, że w trakcie, gdy bawili się na zewnątrz, zabierano ich i wysyłano do ośrodków. Niektórzy nigdy nie wrócili".
Ponadto w latach 60. i 80. XX wieku około 20 000 dzieci tubylczych odebrano rodzinom i umieszczono u rodzin nietubylczych w ramach tzw.