W drugiej połowie XVI wieku pod wpływem kalwinizmu odrzucili rygorystyczne praktyki katechumenatu dla nowych wiernych, celibat duchownych i spowiedź indywidualną.
Emigracja braci czeskich Rozwój braci czeskich w Królestwie Czech hamowały prześladowania. W 1548 roku cesarz Ferdynand I Habsburg wydał edykt, w którym zmusił znaczną część członków Jednoty Braterskiej do opuszczenia Czech lub do zmiany wyznania na katolickie. Bracia czescy emigrowali na Dolny i Górny Śląsk, do Niemiec oraz do Rzeczypospolitej, w której cieszyli się największą tolerancją religijną. W 1645 na zjeździe w Lesznie bracia czescy połączyli się z Kościołem reformowanym.
W XVIII wieku w Saksonii emigranci z Moraw znaleźli możnego protektora w osobie Mikołaja von Zinzendorfa i za jego sprawą utworzyli Kościół braci morawskich. W XVIII wieku na Dolnym i Górnym Śląsku władze Królestwa Prus rozpoczęły likwidację niezależności zborów czeskich i po 1817 roku włączały je w struktury Pruskiego Kościoła Unijnego.
W XIX wieku tylko w Królestwie Kongresowym przetrwały dwa zbory, podporządkowane konsystorzowi ewangelicko-reformowanemu w Warszawie.