Większość (Stronnictwo Większości), której przewodził młody senior Jednoty Łukasz Praski, dążyła do reform doktryny.
W wyniku odbytego w 1496 roku, w celu przedyskutowania trapiących Kościół spraw, synodu w Chlumcu wprowadzono znaczące zmiany. Bracia czescy z zamkniętej kongregacji przeistoczyli się w nowy Kościół, przyjmujący wiernych bez potrzeby ponownego chrztu. Rozwinięto również postulat nauki o potrzebie zdobywania wiedzy. Przegłosowano program o rozwoju edukacji i udzielaniu się wiernych w życiu publicznym Królestwa Czech.
Ortodoksyjni braci czescy tzw. amozyci utworzyli wówczas odrębną wspólnotę, która jednak nie rozwinęła się nigdy w większy Kościół i zanikła stosunkowo szybko z powodu kurczącej się liczby wyznawców w połowie XVI wieku.
Wpływ protestantyzmu na braci czeskich W okresie reformacji bracia czescy nawiązali kontakty z Marcinem Lutrem i Ulrichem Zwinglim. Za sprawą seniora Jana Augusty przyjęli wzorowane na wyznaniu ewangelicko-augsburskim wyznanie Konfesji Braterskiej (Confessio Bohemica). Dzięki seniorowi Janowi Blahoslavowi doczekali się własnego tłumaczenia Pisma Świętego (Biblia kralicka).