Bracia czescy podczas wojny trzydziestoletniej Rola braci czeskich w monarchii habsburskiej wzrosła z początkiem XVII wieku. W 1609 roku uzyskali oni od cesarza Rudolfa II wolność wyznania (Rudolfův Majestát) w Czechach i na Dolnym i Górnym Śląsku. W czasie wojny trzydziestoletniej byli główną siłą, która wyniosła na tron Fryderyka V Wittelsbacha i opowiadała się za wojną z dynastią Habsburgów.
Upadek powstania czeskiego w 1620 roku i druzgocąca klęska armii czeskiej na Białej Górze spowodowały dla braci czeskich niszczycielską falę prześladowań. Działalność braci czeskich została zakazana, a przywódcy Jednoty z seniorem Janem Ámosem Komenskim na czele udali się na emigrację. Resztki wspólnoty zeszły do podziemia. Kościół przetrwał w Czechach jako nieformalne i tajne gminy wyznaniowe na Morawach, na Śląsku, w Kotlinie Kłodzkiej i w Sudetach, gdzie jego wyznawcy doczekali się Patentu Tolerancyjnego z 1781 roku.