Jednota Bracka w Królestwie Czech Synod w Lhotce stał się powodem schizmy między utrakwistami, katolikami i braćmi czeskimi. Nieliczne wówczas grupy Jednoty traktowane były w Czechach jako nielegalna sekta i stały się celem prześladowań. Z drugiej jednak strony przyłączali się do nich idealiści związani do tej pory z Kościołem utrakwistycznym, a także resztki wspólnot chrześcijańskich działających w ramach husytyzmu od XV wieku. Kontakty z waldensami spowodowały, że król Maciej Korwin w 1481 wygnał przedstawicieli Jednoty z Czech do Mołdawii. Bracia czescy powrócili jednak do ojczyzny i osiedli głównie na Morawach, gdzie uzyskali przychylność miejscowego rycerstwa i utworzyli drugą po czeskiej prowincję kościelną.
Pod koniec XV wieku wspólnota liczyła już około 100 tys. wiernych zorganizowanych w ponad tysiącu zborów. W związku z dużą liczbą zamożnych i wpływowych neofitów w szeregach braci czeskich doszło do rozłamu w kwestii stosunku członków Kościoła do pełnienia funkcji publicznych oraz edukacji. Mniejszość (Amozyci), na których czele stała starszyzna i duchowieństwo, opowiadała się za izolacją ruchu i zachowaniem rygoryzmu, jaki wynikał z pism Chelčickego.