Sukcesy odnosili w tych latach młodzicy starsi prowadzeni przez trenera Janusza Fabicha. Prowadzona przez niego drużyna zajęła w 1989 roku I miejsce w swojej klasie rozgrywkowej. Sezon 1990/1991 Chojniczanka zakończyła na 6. miejscu w lidze okręgowej. W kolejnym sezonie drużyna prowadzona przez Marka Wielewickiego i Leszka Szanka i Żuchliński Zygfryd Mikołaj ponownie awansowała do III ligi. Kierownikiem zespołu był Edmund Szypryt. Jednak w pierwszym sezonie drużyna z Chojnic zajęła ostatnie miejsce w III lidze i kolejny raz spadła do klasy okręgowej. W tym sezonie Chojniczanka zdobyła Puchar Polski na szczeblu wojewódzkim. W następnym sezonie MKS chojnicka drużyna ponownie wróciła do III ligi. Dwa sezony później chojniczanie znowu spadli do klasy okręgowej. Zespół prowadzili Marek Wielewicki i Leszek Szank. Wiele czynników przyczyniło się na ponowny spadek do niższej klasy rozgrywkowej: m.in. prezes klubu Marek Szank podał się do dymisji, zwolniono trenerów Marka Wielewickiego i Leszka Szanka. W połowie sezonu drużynę objął Mieczysław Krajecki. W przerwie zimowej drużynę opuściło także kilku podstawowych zawodników. Pod koniec sezonu z funkcji trenera zrezygnował Mieczysław Krajecki, a posadę tę objął Chorwat Rado Lazić. W wyniku nieporozumień Chojniczanka kończyła sezon z sześcioma juniorami w składzie.