W 1992 roku w plebiscycie „Gazety Chojnickiej” za najlepszego piłkarza w powojennej historii klubu uznano Jana Synoradzkiego, następne miejsca w kolejności zajęli: Brunon Pawlak, Czesław Adamczyk, Ryszard Grabowski, Mirosław Modrzejewski, Marek Wielewicki, Jan Ossowski, Czesław Lenc, Stefan Polasik, Benedykt Nielipowicz.
1995–2010 W latach 1995–1998 Chojniczanka rywalizowała w lidze okręgowej pod wodzą trenera Marka Wielewickiego. W sezonie 1997/1998 awansowała do nowo utworzonej IV ligi. W sezonie 2000/2001 drużyna z Chojnic wywalczyła awans do III ligi wyprzedzając pod koniec sezonu Cartusię Kartuzy. Trenerem zespołu był Janusz Fabich, który po awansie został zwolniony przez kierownictwo klubu. W jego miejsce zatrudniono Andrzeja Biangę.
W kolejnym sezonie w III lidze Chojniczanka rywalizowała z: Amicą Wronki, Aluminium Konin, Flotą Świnoujście, Wartą Poznań, Obrą Kościan, Unią Janikowo, Gryfem Wejherowo, Spartą Brodnica, Chemik Bydgoszcz, Gwardią Koszalin, Kotwicą Kołobrzeg, KKS Kalisz, KP Police, Polonią Bydgoszcz, Astrą Krotoszyn, Goplanią Inowrocław, Kaszubią Kościerzyna i Lechią/Polonią Gdańsk.