W sezonie 1976/1977 Chojniczanka awansowała do utworzonej rok wcześniej III ligi międzywojewódzkiej. W drużynie pojawiło się kilku wyróżniających się zawodników, między innymi Jan Synoradzki, Jan Wardyn, Henryk Briegman i Wiesław Piekarski. Dwa sezony później chojniccy piłkarze ponownie zmuszeni byli do występowania w klasie okręgowej po spadku z III ligi. Trenerem zostaje wówczas Mieczysław Krajecki. Po raz kolejny do 1/16 finału Pucharu Polski Chojniczance udaje się dojść w 1981 r. Trafiła wówczas na mistrza Polski – Widzew Łódź, w którym grali m.in. reprezentanci Polski Zbigniew Boniek, Włodzimierz Smolarek i Władysław Żmuda. Na mecz przybyło około 15 tysięcy osób. W 37. minucie na prowadzenie gospodarzy wyprowadził Jan Synoradzki, jednak pięć minut później wyrównał Zbigniew Boniek. Przez większość meczu Chojniczanka była trudnym rywalem dla mistrza Polski, lecz w ostatnich 25. minutach spotkania inicjatywę przejęli piłkarze Widzewa Łódź co poskutkowało strzeleniem bramki przez Filipczaka i końcem rozgrywek dla chojnickiej drużyny. Trenerem był Tadeusz Urbański, natomiast kierownikiem drużyny Alojzy Wielewicki. W latach 1986–1989 Chojniczanka rywalizowała w bydgoskiej lidze okręgowej. W tych latach zespół miał duże szanse powrotu do III ligi. Jednak drużynie prowadzonej przez Konrada Skibę nie udało się awansować.