O wiele większe niż seniorzy sukcesy odnosili juniorzy i tramplarze. W 1968 r. piłkarze drużyn młodzieżowych Chojniczanki pokonali 4:2 reprezentację NRD, w skład której wchodzili zawodnicy ze Schwerinu. Młodzieżowe drużyny odnosiły duże sukcesy w Pucharze Polski: dwukrotnie dochodzili do finału i zdobyli to trofeum w 1968 i 1969 r.
1970–1995 Jeden z największych sukcesów w historii klub osiągnął w sezonie 1971/1972. W ligowych rozgrywkach w klasie okręgowej Chojniczanka zajęła czwarte miejsce. Większy sukces chojniczanie odnieśli natomiast w Pucharze Polski. Zdobyła Puchar Polski na szczeblu wojewódzkim pokonując: Borowiaka Czersk 1:0, Orła Osiek 4:0, Budowlanych Bydgoszcz 1:0, Orkan Lubaszcz 6:0, Lecha Rypin 6:3 i Kujawiaka Włocławek 3:1. W 1/32 szczebla centralnego rozgrywek zespół z Chojnic pokonał Znicza Pruszków 2:1, a w 1/16 finału Chojniczanka wylosowała trzykrotnego wicemistrza Polski – pierwszoligowe Zagłębie Sosnowiec. 3 października 1971 r. na stadion Chojniczanki przybyło około 10 tysięcy kibiców. MKS Chojniczanka pokonała 2:1 Zagłębie Sosnowiec. Bramki dla chojnickiej drużyny strzelili Adam Damski (wówczas grający trener zespołu) i Ryszard Nowak. W 1/8 finału drużyna mimo wyrównanej gry uległa 0:1 drugoligowemu wówczas GKS Katowice.