Od sierpnia do grudnia 1618 roku Melchior Grodziecki odbywał w Brnie trzecią probację.
Po wybuchu wojny trzydziestoletniej, w czerwcu 1618 roku jezuici zostali wygnani z Czech, natomiast w niecały rok później również z Moraw. Gdy jezuici, wśród których znajdował się Melchior Grodziecki, opuścili Brno, w mieście wybuchł pożar. Zostali sprowadzeni z powrotem i zaaresztowani pod zarzutem podpalenia. Po kilku dniach zostali wypuszczeni i rozeszli się w różne strony. Melchior Grodziecki podążył na ówczesne Górne Węgry (dzis. Słowację) do Humennego. Tam, 16 czerwca 1619 roku, złożył wieczyste śluby zakonne na ręce ks. Aleksandra Doboksy, rektora kolegium jezuickiego. W 1619 roku, na prośbę gubernatora miasta Andrzeja Doczy, został posłany do Koszyc w charakterze kapelana wojskowego dla wojsk cesarskich stacjonujących w Koszycach oraz dla katolików węgierskich mieszkających w mieście.