Po złożeniu ślubów, Melchior Grodziecki przez rok uczył w kolegium jezuickim w Brnie w latach 1605–1606, a następnie w kolegium jezuickim w Kłodzku w latach 1606–1607. Przez rok, w okresie 1607–1608, uczył się w seminarium nauczycielskim w Budziejowicach, aby móc wykładać w klasach wyższych. W 1608 powrócił do nauczania w kłodzkim kolegium jezuickim.
W 1608 roku Melchior Grodziecki udał się na studia; zgłębiał retorykę w Neuhaus oraz logikę w Pradze. Uczył się także gramatyki w Brnie, Neuhaus oraz w Kłodzku. Na drugim roku filozofii, z braku dostatecznej wiedzy i zdolności spekulatywnych, przerwał naukę i został skierowany na dwuletnie studium teologii moralnej, aby móc podjąć pracę duszpasterską. Teologię moralną oraz polemiczną studiował w latach 1612–1614. Prawdopodobnie w czasie swej edukacji akademickiej kształcił się również muzycznie.
W 1614 roku w Pradze przyjął święcenia kapłańskie i do 1618 roku pracował jako kaznodzieja. Katechizował, głosił w praskich kościołach oraz we wsi Kopanina kazania w języku czeskim (którego nauczył się w brneńskim nowicjacie) i spowiadał. Jednocześnie od 1616 roku kierował orkiestrą praskiej bursy ubogich studentów przygotowujących się do stanu kapłańskiego.