Gdy Koszyce zostały zajęte przez Jerzego I Rakoczego na rozkaz władcy Siedmiogrodu, Gabora Bethlena, Grodziecki został uwięziony wraz z Markiem Kriżem i Stefanem Pongraczem pod zarzutem podżegania katolików przeciwko protestantom. Wszyscy trzej zostali poddani trwającym całą noc okrutnym torturom. Melchior Grodziecki, odmówiwszy wyparcia się wiary katolickiej i przyjęcia kalwińskiej, został ścięty toporem. Okaleczone, rozczłonkowane ciała zostały nad ranem wrzucone do dołu kloacznego. Zbrodnia wywołała oburzenie czeskich protestantów. Po naradzie rady miejskiej, zwłoki zostały przeniesione w inne miejsce i przysypane gruzem.
Dopiero po klęsce Rakoczego ciało męczennika wydano katolikom. Po negocjacjach z posłem Ferdynanda II, Zygmuntem Forgácsem, Bethlen pozwolił potajemnie zabrać zwłoki Melchiora Grodzieckiego. W marcu 1620 roku, żona Forgácsa, hrabina Katarzyna Pálffy, wywiozła je do pod Preszowem, gdzie zostały uroczyście złożone w kościele franciszkańskim, następnie w nowo wybudowanym kościele pw. św. Katarzyny Aleksandryjskiej w Hertníku koło Bardejowa. Stamtąd przeniesiono je w 1635 roku do tyrnawskiego klasztoru św. Klary.