Skład etniczny wiernych metropolii stał się przyczyną konfliktów w miarę rozwoju ruchów narodowych Ukraińców i Rumunów. Ci ostatni stale wysuwali koncepcję podporządkowania metropolii eparchii siedmiogrodzkiej i nadania jej charakteru rumuńskiego (działania na rzecz realizacji tego celu podjęto w części parafii). Duchowieństwo pochodzenia ukraińskiego opowiadało się przeciwko tym planom i starało się im przeciwdziałać. Dla zakończenia sporów powstał nawet projekt podziału metropolii na dwie, ruską i rumuńską. Ruch ukraiński nie był jednak jednorodny: część jego działaczy poparło ideologię moskalofilską, część opowiedziała się za budową narodu ukraińskiego. Zwolennicy orientacji prorosyjskiej doszli do porozumienia z Rumunami; ukrainofile, związani z ośrodkami tegoż ruchu w Galicji, byli przez nich oskarżani o promowanie unii kościelnej i Kościoła greckokatolickiego. W związku z obawami o napływanie z Galicji agitacji na rzecz unii, łączonej z promocją ukraińskiej idei narodowej, w 1894 metropolita bukowińsko-dalmatyński Sylwester (Morar-Andrijewicz) zabronił czytania książek i pism drukowanych w Galicji. Rusofile zachowali jednak pozycję dominującą do końca pierwszej dekady XX wieku, gdy ruch moskalofilów został poddany represjom przez władze austriackie.