Wówczas ich miejsce zajęli duchowni ukrainofilscy.
Po rozpadzie Austro-Węgier i włączeniu Bukowiny w granice Rumunii metropolia bukowińska stała się jedną z administratur Rumuńskiego Kościoła Prawosławnego jako jedna z pięciu eparchii na prawach metropoliiЧЕРНІВЕЦЬКА єпархія. Parafie na Bukowinie zostały poddane rumunizacji, zaś w 1928 administratura, podobnie jak cały Kościół, przyjęła kalendarz gregoriański. Metropolia działała w tym kształcie do wejścia Armii Czerwonej na Bukowinę w 1940. Patriarchat Moskiewski ogłosił wówczas przejęcie struktur prawosławnych na Bukowinie jako eparchii czerniowieckiej Egzarchatu Ukraińskiego. Rumuński Kościół Prawosławny przejął kontrolę nad administraturą ponownie w 1941 po dołączeniu Rumunii do państw Osi. W 1944 Armia Czerwona ponownie zajęła Bukowinę północną, która stała się częścią Ukraińskiej SRR, a po 1991 – niepodległej Ukrainy. Podział Bukowiny oznaczał likwidację metropolii bukowińskiej w jej dotychczasowym kształcie.