Po zakończeniu Wiosny Ludów i wznowieniu działania przez seminarium duchowne Naumowycz pragnął kontynuować w nim naukę, jednak jego prośba została odrzucona z powodu zaangażowania w polski ruch niepodległościowy. W związku z tym podjął na Uniwersytecie Lwowskim studia prawnicze. Utrzymywał się z korepetycji. W tym okresie nauczył się dobrze ludowego języka ruskiego i ostatecznie przestał utożsamiać się z narodem polskim. Doszedł również do wniosku, iż Rusini galicyjscy oraz mieszkańcy Ukrainy w składzie Imperium Rosyjskiego należą do jednego narodu, na rzecz którego winien odtąd działać.
W 1849 kierownictwo lwowskiego seminarium greckokatolickiego uznało, iż postawa Naumowycza uległa poprawie na tyle, że mógł on podjął na nowo naukę w szkole, począwszy od III roku. W 1851 ożenił się z Teodorą Hawryszkiewicz, córką duchownego. W tym samym roku przyjął święcenia kapłańskie z rąk metropolity Michała Lewickiego, po czym został wikariuszem parafii w Gródku Jagiellońskim. W 1853 został proboszczem parafii w Laszkach Królewskich, po czym po trzech latach został przeniesiony do Przemyślan.