Izraelska armia thumb|290px|Pułkownik Marcus w Izraelu, 1948 W grudniu 1947 roku z Marcusem skontaktował się w Nowym Jorku Szelomo Szamir, który stał na czele żydowskiej delegacji w Stanach Zjednoczonych. Szamir starał się pozyskać doradców wojskowych w celu organizacji i szkolenia armii żydowskiej organizacji paramilitarnej Hagana. Początkowo Marcus zgodził się pomóc Szamirowi w odnajdywaniu takich osób, jednak bardzo szybko okazało się, że sam jest najlepszym kandydatem. W 1948 roku Departament Wojny Stanów Zjednoczonych wyraził na to nieformalną zgodę, pod warunkiem, że Marcus ukryje swoje prawdziwe nazwisko i rangę w amerykańskiej armii, aby nie drażnić brytyjskich władz mandatowych.
W styczniu 1948 roku Marcus przyjechał do Palestyny jako „Michael Stone”. Natychmiast po przyjeździe Marcus zrobił objazd kraju, odwiedzając bazy Hagany, zapoznając się ze strukturami wojskowymi i poziomem szkolenia żołnierzy. Po analizie zastanej sytuacji, Marcus przedstawił raport w którym przedstawił liczne zalecenia. Według jego oceny, wdrożenie tych zaleceń umożliwiłoby przekształcenie podziemnej organizacji paramilitarnej w nowoczesną regularną armię. Między innymi zalecił utworzenie samodzielnych brygad, jako podstawowej formacji zbrojnej.