Precyzyjnie wskazał Dawidowi Ben Gurionowi, że pierwszym teatrem działań wojennych w obronie Izraela będzie pustynia Negew. Aby zorganizować system szkoleń wojskowych zażyczył sobie, aby przemycić do kraju amerykańskie podręczniki szkoleniowe. Gdy nie uzyskał na to zgody, odtworzył z pamięci większość procedur szkoleniowych, dostosowując je do potrzeb nowo tworzonej izraelskiej armii. W szkoleniu oficerów podkreślał znaczenie solidnej pracy dowództwa i logistyki. Bardzo szybko Marcus stał się najbardziej znanym żołnierzem Machal. W kwietniu, Marcus na krótko wrócił do Stanów Zjednoczonych. Przyczyną wyjazdu była choroba żony. W międzyczasie, 15 maja 1948 roku rozpoczęła się I wojna izraelsko-arabska. Tak jak Marcus przewidział, egipskie wojska zaatakowały dwoma kolumnami od południa. Marcus przekonał Dawida Ben Gurion do wysłania na pustynię Negew sił Palmach, które poruszały się po pustyni przy użyciu jeepów i prowadziły wojnę podjazdową nękając Egipcjan. W szczególnie ciężkiej sytuacji znalazła się oblężona Jerozolima. Kluczem do przełamania oblężenia i odblokowania komunikacji z miastem były arabskie pozycje w rejonie Latrun. W dniu 28 maja Marcus został awansowany na generała i jednocześnie powierzono mu dowództwo nad obroną Jerozolimy.