W maju 1944 roku uzyskał zgodę dowództwa na wyjazd do Wielkiej Brytanii z zadaniem obserwowania realizacji polityki władz wojskowych na terenach wyzwolonych we Francji. Następnie przekonał dowództwo i uzyskał przydział do 101 Dywizji Powietrznodesantowej. Podczas operacji Overlord w dniu 6 czerwca 1944 roku skakał z pierwszą falą spadochroniarzy w Normandii. Po wylądowaniu na ziemi zbierał rozproszonych spadochroniarzy i organizował w patrole, angażując się w walkę z Niemcami. Krótko potem Marcus został odwołany z pola walki i odesłany samolotem do Waszyngtonu.
Natychmiast po zakończeniu działań wojennych Marcus został przeniesiony do alianckiej strefy okupacyjnej w Niemczech. W okresie tym zajmował się planowaniem utrzymania milionów chorych i zagłodzonych więźniów uwolnionych z nazistowskich obozów koncentracyjnych. Następnie został szefem wydziału planowania procedur prawnych ścigania zbrodni nazistowskich, które stały się podstawą do prowadzenia procesów norymberskich.