W wyborach samorządowych w 2010 Czesław Małkowski bez powodzenia ubiegał się o urząd prezydenta miasta z własnego komitetu. Uzyskując 38,66% głosów, przeszedł do II tury, w której przegrał z Piotrem Grzymowiczem (otrzymał w niej 46,76% głosów). W wyborach tych został wybrany do rady miasta. W wyborach w 2014 ponownie przegrał w II turze z Piotrem Grzymowiczem wybory na prezydenta miasta. W I turze uzyskał 39,53% głosów, a w II turze 49,53%. Został ponownie wybrany do Rady Miasta Olsztyn. W wyborach w 2018 ponownie kandydował na urząd Prezydenta Olsztyna. Uzyskał 22 465 głosów i przeszedł do II tury, w której uzyskał 45,53% przegrywając ponownie z Piotrem Grzymowiczem, po raz kolejny uzyskując mandat radnego Miasta Olsztyn. W 2024 uzyskał reelekcję w wyborach do rady miasta, w tych samych wyborach po raz szósty ubiegał się o urząd prezydenta miasta, w II turze przegrał z kandydatem Koalicji Obywatelskiej Robertem Szewczykiem, zdobywając 46,66% poparcia.
Proces karny Po wybuchu seksafery w Urzędzie Miasta Olsztyn w 2008 r. prokurator wszczął śledztwo mające ustalić czy doszło do przestępstwa w związku z doniesieniami pracownic Urzędu Miasta Olsztyn o molestowaniu seksualnym i zgwałceniu przez Prezydenta Miasta Olsztyna.