28 lutego 2008 r. został w tej sprawie zatrzymany przez policję. Zwolniony po nieuwzględnieniu przez Sąd Rejonowy w Białymstoku wniosku o tymczasowe aresztowanie. Na skutek zażalenia prokuratora 14 marca 2008 r. Sąd Okręgowy w Białymstoku zastosował wobec niego tymczasowe aresztowanie z uwagi na grożącą mu wysoką karę oraz zastosował środek zapobiegawczy w postaci zawieszenia w pełnieniu obowiązków prezydenta Olsztyna.
Postanowieniem z 26 września 2008 r. Sąd Okręgowy w Olsztynie uchylił wobec podejrzanego tymczasowe aresztowanie utrzymując środek zapobiegawczy w postaci zakazu sprawowania obowiązków samorządowych.
1 lutego 2011 r. Prokuratura Okręgowa w Białymstoku przedstawiła Czesławowi Małkowskiemu cztery zarzuty dotyczące czterech osób pokrzywdzonych – zgwałcenia i usiłowanie zgwałcenia oraz uporczywe naruszanie praw pracowniczych.
21 września 2015 r. Sąd Rejonowy w Ostródzie ogłosił wyrok 5 lat pozbawienia wolności za gwałt i usiłowanie gwałtu. Prócz tego sąd zabronił pełnienia funkcji kierowniczych w samorządzie przez okres 6 lat. Wyrok był nieprawomocny.
20 grudnia 2016 r. Sąd Okręgowy w Elblągu uchylił wyrok sądu pierwszej instancji i skierował sprawę do ponownego procedowania.