Od tego momentu był aktywnym uczestnikiem prac Rady, przyczynił się również do przystąpienia Patriarchatu Moskiewskiego do tejże organizacji.
Uczestniczył w porozumieniu z Metz, gdzie od sierpnia 1962 jako wysłannik Moskwy prowadził zakulisowe negocjacje z reprezentującym Jana XXIII kard. Eugène Tisserantem, w sprawie powstrzymania się Kościoła rzymskokatolickiego podczas soboru watykańskiego II od potępienia komunizmu. W zamian za to prawosławni zgodzili się skorzystać z zaproszenia do wzięcia udziału w Soborze Watykańskim II w charakterze obserwatorów, na czym szczególnie zależało papieżowiSławomir Cenckiewicz Cisi sprzymierzeńcy reform. Wypisy źródłowe z materiałów Służby Bezpieczeństwa o genezie i początkach Vaticanum II, „Christianitas”, Warszawa, nr 19/20, 2004, , s. 41-78.
W 1963 na własną prośbę odszedł z Wydziału Prasy Patriarchatu Moskiewskiego, by móc skupić się wyłącznie na działalności międzynarodowej. 3 sierpnia tego samego roku Nikodem (Rotow) stanął na czele Komisji Świętego Synodu do Spraw Jedności Chrześcijan. Między 4 sierpnia 1963 a 9 października tego roku pełnił urząd metropolity mińskiego i białoruskiego. W eparchii tej doprowadził do przerwania przez władze kampanii zamykania cerkwi. Następnie został przeniesiony na katedrę leningradzką.