Jego działalność jako proboszcza była wysoko oceniana przez ówczesnego locum tenens eparchii jarosławskiej i rostowskiej, biskupa uglickiego Izajasza. Od grudnia 1954 do lutego 1956 był p.o. proboszcza parafii Fiodorowskiej Ikony Matki Bożej w Jarosławiu. Z miasta tego wyjechał z powodu powołania go w poczet członków rosyjskiej misji prawosławnej w Jerozolimie.
W sierpniu 1956 Nikodem (Rotow) otrzymał godność igumena i został mianowany zastępcą przełożonego misji. Po kolejnych sześciu miesiącach zastąpił archimandrytę Pimena (Chmielewskiego) na stanowisku jej przełożonego. Otrzymał równocześnie godność archimandryty. W lutym 1959 zakończył swoją pracę w ramach misji. W okresie pobytu w Jerozolimie duchowny opracował również pracę na temat historii tejże instytucji, za którą otrzymał tytuł kandydata nauk teologicznych.
Biskup mały|Nikodem (Rotow) jako biskup podolski uczestniczy w ceremonii pogrzebu byłego metropolity warszawskiego i całej Polski w monasterze Zaśnięcia Matki Bożej w Odessie (stoi z prawej) W czerwcu 1959 archimandryta Nikodem (Rotow) został zatrudniony w Wydziale Zewnętrznych Stosunków Cerkiewnych jako jego wiceprzewodniczący.